河南省卫生厅农卫处处长王耀平介绍说，“总额预付”就是根据当年新农合统筹基金总量，测算年度统筹基金预付总额，以收定支。实行“按月预拨、年终结算”的方式支付，每月初按当月预付额的90%预拨医疗机构。若实际发生费用超支，超支部分由统筹基金按不高于30%的比例承担，其余由医院自己承担。“原则上，市级医疗机构预付总额增长幅度控制在10%以内，县级医疗机构控制在20%以内，乡级医疗机构则控制在15%以内。”
王耀平表示，“总额预付”还根据统筹资金预算总额、医疗服务需求等情况，严格控制各医疗机构参加新农合患者的次均住院费用、平均床日费用、目录外药品和诊疗项目费用所占比例等指标。
刘学周表示，实施以“总额预付”为主要内容的新农合支付制度改革，就是让“要医疗机构控制费用”向“医疗机构要控制费用”转变，变按项目付费为总额预付，变事后监管为事前控制，变被动管理为自我约束。
