当地时间8月6日，英国《自然》杂志网站向叶诗文和读者道歉，称其日前刊登的一篇质疑叶诗文的文章中“一些内容是错误的”。
当地时间8月1日，《自然》杂志网站发表题为《为什么奥运会上的卓越表现引发怀疑》的文章，该文作者尤恩·卡拉韦认为，叶诗文夺得伦敦奥运会女子400米个人混合泳金牌的卓越表现是“异常”的，即使当前的药检结果清白，也不能完全排除服用兴奋剂的可能。
该文一出，批评声四起。署名美国宾夕法尼亚大学化学系Lai Jiang的网友在《自然》网站上跟帖评论说，该文关于叶诗文表现“异常”的结论，来自不合适的数据比较，在统计学上是“典型的为了目的而选取数据”。即便药检结果清白也不能排除服用兴奋剂的说法属于“不可知论”，并不是科学的态度。
许多中国科研人员向《自然》杂志提出了抗议。北京大学著名学者饶毅4日向《自然》杂志总编辑发出了公开信，指出“卡拉韦的报道说得好听是草率，说得难听是种族偏见”。在美国加州大学伯克利分校从事分子和细胞生物研究的王立铭博士在阅读了这篇文章后发现，该文不仅在科学上充满逻辑错误和误导性，而且也带有强烈的政治和种族偏见。他当日就草拟了向《自然》杂志总编辑的公开抗议信，在多位华裔学者参与修改后，立即向全美和全球的华裔自然科学家发出并征集签名。
抗议信发出后在短短的两天之内，就征集到了来自哈佛、耶鲁、宾州大学、美国国家卫生研究院、加州理工等涵盖全美所有顶尖大学，以及来自英国牛津、剑桥，德国、法国、澳大利亚、加拿大、挪威、中国等知名学府和研究机构的近1100名华裔科学家和学者的有效签名。抗议信中指出，这样的文章使《自然》杂志蒙羞，并强烈要求：“《自然》杂志立即撤回该文并公开向叶诗文及所有被无端指责的运动员道歉。”
在潮水般的批评声中，《自然》杂志主编蒂姆·阿彭策勒和总编辑菲利普·坎贝尔8月6日共同署名，在那篇文章下方以“编者按”的形式做了简短说明，向读者和叶诗文道歉，称关于运动员兴奋剂的争议由来已久，并非因国籍偏见才产生，也并非想对叶诗文提出任何指控。该网站还对原文的副标题进行了修改，并对文中的一些明显错误进行了改正声明。截至发稿时，该文作者并未就此事作出任何回应，并继续在微博上发表关于提高运动水平的药物的相关言论。
《自然》杂志于1869年在英国创立，在学术界享有盛誉，常与美国《科学》杂志并称为世界两大顶级学术刊物。“编者按”原文翻译如下：
“这篇新闻报道由原本就很热烈的关于叶诗文成绩的讨论而引发，类似的讨论以前在其他国家运动员取得出色成绩时也出现过。如许多批评所指出的，我们的这篇文章单单因为叶诗文的国籍就把她单独列出来是错误的。”
“这篇文章的原意是作为‘解释者’专栏文章，解释‘为何科学能够给这类有关出色成绩的辩论一个答案’，而不是细致分析运动员们的具体表现数据。之前，其他人的一些分析使我们相信，将叶诗文的成绩描述为‘反常’是公平的——因为她的表现数据的确不同寻常。但是我们承认，把上述各种错误联系起来，以及缺乏对具体数据的细致讨论(事后看来我们很后悔这一点)，这两点给了读者‘我们支持对叶诗文的这些指责’的印象。而这完全不是我们的本意。我们因此向我们的读者和叶诗文本人道歉。”
王立铭在获悉《自然》杂志道歉后表示，叶诗文获得冠军后，部分西方媒体有一种阴暗的心态表现，长期以来对中国刻板和固有的印象表露无遗。如何纠正这种谬误和偏见，我们要直截了当地说出我们的抗议；而且抗议要有足够的力量。所以在抗议信的最后部分明确向《自然》杂志表示，“在贵刊道歉之前，所有参与签名抗议的学生、学者将不再为《自然》投稿、审稿；不再订阅《自然》及其子刊；不在《自然》上刊登任何广告。”
英中体育文化交流协会会长王海矛对记者表示，西方媒体出现这种不负责任的言论，主要是对中国游泳队缺乏了解，仍然用旧的目光和思维审视中国游泳队，对其取得进展持怀疑态度，甚至进行恶意攻击，这也显示了标榜“自由”的西方媒体职业道德的沦丧。
