孙晋芳和李娜都是快人快语，性格直爽，过去几年，两人表面上“冲突”不断，但实际上关系很好，李娜称孙晋芳为“孙阿姨”，孙晋芳则视李娜这拨队员为孩子。
2003年底，孙晋芳上任后的一大贡献就是劝李娜复出。去年赢得法网冠军后，李娜感谢完团队后，重点感谢了孙晋芳，“如果没有孙主任当初的改革，就不会有我们今天的成绩。”
不过，两人交往过程并不都像这般轻松。复出后第二年，李娜排名便达到30位，她直言国家队体制不适合她，希望奖金能和成绩挂钩。对此，孙晋芳直言痛心，“李娜没有看到国家为培养她们所付出的代价，只是简单地拿自己和外国选手比较，这是思想水平低、道德素质不高和责任感、使命感差的表现。”
2008年单飞后，队员上缴的奖金比例从之前的60%降至8%-12%。2010年澳网，李娜和郑洁打进半决赛，孙晋芳在庆功会上暗示大部分队员未按规定上缴奖金，“我们让她们自愿报，不强求。我们不在乎她们交多少，而是要她们表达出责任感和感恩的心。”伦敦奥运会前，冲突再起，李娜自曝“被双打”，孙晋芳则反问，奥运会这么大的事，怎么可能不和队员商量。
虽然冲突不断，但真性情让两人彼此欣赏。刚刚结束美网的李娜昨日现身北京匠心之轮网校训练，她并未回应此事。李娜所属的团队IMG则表示与网管中心关系很好，“每一代球员走过的路都会不同，如果以后能摸索出一套两方面兼顾的模式，不光是李娜，所有网球人都会很高兴的。”
