窜逃美国遥控指挥，2007年曾被“打残”
面对警方的严厉打击，赵维山感到惶恐不安。2000年9月6日，赵维山携杨向彬等人窜逃美国。在一些势力的支持下，赵维山遥控指挥国内的信徒。
面对政府打击，赵维山挖空心思发展信徒队伍，拼命加强“营销队伍”。2002年上半年，赵维山批指令加强“传福音”队伍，每个区成立6个一线“传福音”队伍，每个小区成立2个二线“传福音”队伍。为应对信息时代发展需要，赵维山还指令成立了电脑组和翻译组。
随着政府打击加剧，教徒流失现象时有发生。2006年底，赵维山开始要求教会认识“人类的败坏”，对“实际神”邪教信徒加强精神控制。
为了加强对组织的控制，赵维山对教会持续改革。
2005年上半年，赵维山指令取消工作区，任命6名监督员直接听命于他。同时成立了文字修改组、校对组、设计组、朗诵组。四组当中，文字修改组中的“超脱”、“毅力”等人较为重要，他们主要修改信徒的“见证”，就是把他们的心得体会润色后编辑成册，从而加强精神控制。
2007年9月，赵维山不再信任他的铁杆粉丝何哲迅，他逼迫何哲迅辞职，同年10月任命“有灵”为监察组长。此时，“全能神”号称全国有信徒300万人。
2007年底，赵维山把全国分为9个牧区：辽东牧区、晋冀牧区、陕甘牧区、全豫牧区、齐鲁牧区、苏皖牧区、浙闽牧区、湖广牧区和川贵牧区。至此，“全能神”的权力架构完全明晰，最高层为“女基督”，下为“圣灵使用的人”，实际的权力中枢为监察组，接下来依次为牧区、区、小区、教会。
随后，赵维山的疯狂招来了全面清剿。公安部成立专案组，抓获监察长“有灵”和原监察长何哲迅，把监察组、牧区、区三个级别骨干一网打尽。全能神教被“打残”。
因基层信徒没有悉数转化，“全能神”残而不死，其势力暗流涌动。2012年12月7日，赵维山指令“全能神”组织了全国性的公开活动，走上街头传播世界末日，企图借机发展信徒。公安机关再次出击，对“全能神”教开展全方位打击。目前，全国公安机关已抓获邪教人员上千名。
