第二阶段：从一九四五年十月中旬到十一月下旬，中央决定“放弃过去分散的方针”，“集中主力”，“守住东北大门”，“竭尽全力，霸占全东北”。东北局坚决执行中央指示，立即改变整个工作和作战部署。
一九四五年十月十一日，毛主席从重庆回到延安。十月十六日中央电示彭真，“蒋军从秦皇岛登陆，向山海关、锦州攻击前进，是必然的。除令各部兼程急进，胶东方面星夜海运，并令林彪急至沈阳助你指挥作战外，望你就现有力量加强训练，并动员民众坚决阻止登陆，争取时间。”同日，中央又指示彭真、陈云、程子华、伍修权，“在东北登陆及从任何方面进入东北之蒋军，望坚决全部消灭之。凡我到东北之曾克林、万毅、肖华等部队，须迅速集中，加以补整，全力消灭蒋军。除早已分散者外，不要再分散。此刻，我军须集中作战，暂时不能分散。”十月十九日，中央指示东北局，“我党方针是集中主力于锦州、营口、沈阳之线，次要力量庄河、安东之线，坚决阻止蒋军登陆及歼灭其一切可能的进攻，首先保卫辽宁、安东，然后掌握全东北，放弃过去分散的方针”，“目前我在东北工作的部署，应该是全力加强辽宁、安东二省的工作，守住东北的大门，争取时间，以便开展全东北的工作。对于北满、东满暂时只派少数人员及后到的少数部队前去开辟工作”。十月二十三日，中央指示东北局，“竭尽全力，霸占全东北，万一不成，亦造成对抗力量，以利将来谈判。”
一九四五年十一月一日，蒋军开始进攻山海关。十一月二日，中央军委指示“林、彭立即布置内线作战，先在葫芦岛至锦州、营口到海城之线，尽力阻滞登陆之蒋军，以待已到部队之组成及路上行进部队之到达，并于适当时机坚决消灭蒋军，不使进沈阳。”十一月十日，苏方允许蒋军在苏军撤退前五天空运部队接收各大城市。十一月十二日东北局按照中央确定的作战方针，作出在苏军撤退后夺取沈阳、长春、哈尔滨三市的部署，并报中央。十一月十五日，中央复电东北局，“一面照顾友方信用，同时准备坚决消灭蒋顽在沈、长、哈三处着陆部队，夺取三大城市，其中最有决定意义的是沈阳城”。同日，毛主席电示林彪、彭真，“集中最大兵力”，“于最有利之时机地点由林彪或罗荣桓亲去指挥，举行反攻”，“全部歼灭”进入东北之蒋军，“即能从战略上解决问题”。
一九四五年十一月十六日，由秦皇岛登陆的国民党先头部队十三军、五十二军，在美国海空军的支持下，攻占山海关。十一月二十日，东北局电告中央，十九日苏方提出“长春路沿线及城市全部交蒋，有红军之处不准我与顽作战，不准我存在，必要时不惜武力将我驱散”。同日，中央电复东北局，“彼方既如此决定，我们只有服从”，“但希望能不让锦州、葫芦岛及北宁路之一段”，“如不能，亦只好服从”。十一月二十二日，中央电告在重庆同美蒋进行谈判的周恩来：“(一)彭林电，戍皓(十一月十九日)友方通知他们，长春路沿线及城市交蒋，有红军之处不准我与顽军作战，要我们退出铁路线若干里以外，以便蒋军能接收，他们能回国。彭林未答应。我们已去电要他们服从彼方决定，速从城市及铁路沿线退出，让开大路，占领两厢。但近两日情况如何尚不知。望你速探听中苏谈判结果电告。(二)顽十三军五十二军突破山海关向锦州急进，林彪已去前线指挥，但我黄克诚部三万八千人初到绥中以北集结，疲劳未恢复，其他部队亦未集中，我们已去电必须集中兵力消灭该顽”。
同日，即十一月二十二日，中央命令彭真、罗荣桓并林彪〔加、李运昌、沙克、黄克诚、刘震、洪学智〔删〕，“顽十三军五十二军向锦州急进，望集中营口、沈阳主力到锦州方面协同黄、梁两部以全力全部或大部歼灭该顽。”“蒋军困难很多，兵力不够分配，现在顶多只能调五个军入东北，即使苏军允许蒋军控制东北各大城市，在苏军走后，我仍有可能夺取大城市，现在如能消灭其两个军，则将给蒋以决定打击。”(当时，进入东北的蒋军只有十三军、五十二军这两个军。)十一月二十三日，中央又电示东北局，“你们应根据自己的计划放手进行工作和进行作战”，“蒋介石困难甚多，即使苏方以重庆为移交东北对手，蒋亦无法接收，如我能迅速组织与巩固自己的力量并在锦州方向大量消灭蒋军，则我争取满洲仍有极大可能。锦州方向的战事如何，望告”。
第三阶段：从一九四五年十一月下旬到一九四六年一月下旬，中央决定撤出大城市，把工作中心放在建立根据地上，同时指示东北局在大城市附近建立第一道军事防线，决不可轻易放弃。东北局据此作出具体部署，认真贯彻中央指示。
一九四五年十一月十九日，苏方强令我军退出各大城市。十一月二十二地，林彪接受黄克诚的建议，从辽西前线打电报给中央、东北局，提出：“目前我军应避兔被敌各个击破，应避免仓皇应战，应准备放弃锦州以北二三百里，让敌拉长分散后，再选弱点突击。”彭真、罗荣桓等同意了这个意见，并报中央批准。在此情况下，十一月二十八日，中央指示东北局，“苏联由于条约限制，长春铁路沿线各大城市将交蒋介石接收。我企图独占东北，无此可能，但应力争我在东北之一定地位。长春路沿线及东北各大城市我应力求插足之外，东满、南满、北满、西满之广大乡村及中小城市与次要铁路，我应力求控制。目前你们应以控制长春路以外之中小城市、次要铁路及广大乡村为工作重心”，“但林彪在北宁路〔附近，罗、肖在东满各须组织一支野战军，作为机动突击力量”。
一九四五年十一月二十九日，东北局作出关于今后新方针的指示，指出：“目前我党已无独占东北之可能，必须改变计划。”“在过去的情况下，我们把主力干部和工作重心放在南满及长春路沿线各大城市及其附近，是正确的。现在由于情况的变化，必须把工作重心放在南满、北满、东满、西满，即放在沈阳至哈尔滨一线之长春路四侧的广大地区中，以中小城市及次要铁路线为中心，背靠着苏联、朝鲜、外蒙、热河，创造强大的根据地，面向长春路及沈阳附近，长春、哈尔滨等大城市，以便在苏军撤退时与国民党争夺这些大城市”。十一月三十日，陈云、高岗、张闻天提出《对满洲工作的几点意见》，报东北局并报中央，认为“我们必须承认，首先独占三大城市及长春铁路干线以独占满洲，这种可能性现在是没有的。因此，当前在满洲工作的基本方针，应该不是把我们的全部注意力集中于这三大城市，而是集中必要的武装力量，在锦州、沈阳前线给国民党部队以可能的打击，争取时间。同时，将其他武装力量及干部，有计划地主动地和迅速地分散到北满、东满、西满，包括广大乡村、中小城市及铁路支线的战略地区，以扫荡反动武装和土匪，肃清汉奸力量，放手发动群众，扩大部队，改造政权，以建立三大城市外围及长春铁路干线两旁的广大的巩固根据地。”“在北满，我们估计，哈尔滨及中东路某些主要城市将迟早由苏军交给国民党，更由于北满是处于南满的后方，因此，我们认为北满工作的中心，应该放在广大的乡村、中小城市，及铁路支线的几个根据地的建立。如以珠河、牡丹江为中心，以佳木斯、依兰为中心，以绥化、北安为中心，*南、三肇为中心，以讷可、龙江为中心，建立若干根据地。我们的兵力、干部、资材，必须主动地向那些地区转移，以造成我们前进和后退的阵地。”
一九四五年十一月，我出关部队已陆续大批到达。十二月八日，东北局作出关于以新老部队合编野战兵团及创立根据地的部署。十二月十五日，东北局作出关于放弃争夺大城市控制长春路两侧建立根据地的工作部署，提出：“目前我们为了争取我在东北之一定地位，以至优势，主要力量应放在控制沿长春线两侧庞大地区(包括中小城市及次要交通联结点)，建设根据地，加紧肃清土匪，放手发动群众，组织地方武装，并使主力求得休整与新军合编，以充实主力，巩固新军，准备于明春争取大规模的作战。”十二月二十一日，中央复电东北局，八日、十五日“电悉，同意你们的部署。但请你们注意东北长期永久根据地之建立。即在通化、延吉、宁安、东宁、密山、穆棱、佳木斯、嫩江、黑河、*河、开鲁等地区，必须派必要的老部队和干部去开辟工作，建立后方，建立工业，组织与训练军队，开办学校，以便能够源源供给前线，有如汉高祖之汉中。只有这一计划的成功，我在东北的斗争才能立于不败之地，并能迟早争取胜利。”
