据当时参与考古作业的现蒙自市文管所所长包震德回忆：“当时遗址呈倾斜袋状形，高7米、宽8米，经过发掘，发现文化层有数米厚。发掘至2米多处时，一个半球形的化石被清刷之后，一个完整的疑似人类头盖骨化石呈现在眼前，头盖骨两侧还有对称的人工钻孔。当时张教授很激动，他说‘这将是一项重大发现’。”
张兴永等专家发现，虽然在脑容量较大、头骨较长等方面的总体形态体现出晚期智人的特点，但“马鹿洞人”眉脊发达、头骨较厚且扁平，与更原始的早期智人有相同之处。张兴永等认为，“马鹿洞人”遗址时代距今1万年左右。根据遗址出土的工具来看，当时已有用鹿角磨成的角铲、角锥和石锤、手锤及石英石切割器等，使用痕迹明显，因而被定性为“旧石器时代晚期文化”，他们在山洞中过着以狩猎为主的生活。
不幸的是，张兴永因积劳成疾于1993年去世，之后“马鹿洞人”的研究陷入“尘封”，直到2008年中澳联合重启对“马鹿洞人”以及与其同期的广西“隆林人”的研究。
中澳学者测定得出结论，“马鹿洞人”生存于距今14500年至11500年间。采用与各地发现的智人数据比对分析等多种手段，他们认为“马鹿洞人”兼具远古人类和现代人类的某些特征，即早期智人和晚期智人的镶嵌特征，验证了张兴永等学者的观点。
但不同于张兴永认为镶嵌特征属群体中的个体差异现象，中澳科学家认为，镶嵌特征属于人类种群差异，或可能代表着一种过去未知的新的人群；虽然不能明确认为是古人类一种新的种群，但至少是同时代人类种群中的一支新的旁支或亚种，可喻为旧石器时代古人类中的“少数民族”。
距今约1万年前，已是人类从狩猎采集时代向农耕时代过渡的时期。同为“马鹿洞人”研究项目中方组成员的吉学平表示，兼具早期智人与晚期智人特征的“马鹿洞人”的存在表明，在古人类时代，现代人在东亚地区起源和演化要比先前所知的更为复杂，人类进化的多样性在那时就已存在。
