不对等的控制权
当然，在阿里巴巴集团整体上市之前，尤其是在2010年10月之前，马云对阿里巴巴的控制权问题，并不会过于担忧。因为，虽然阿里巴巴的创始团队和核心管理层并不持有多数股权，但通过一系列的制度设计，他们依然牢牢掌控着公司的控制权。
根据2005年雅虎入股阿里巴巴时签订的“股东协议”：没有马云的书面同意，在“阿里巴巴整体上市IPO两周年之前、本协议签定五周年、马云不再担任CEO、马云持有阿里巴巴不足1%的股份”四者中任一事件发生之前，任何协议方及其附属机构，总共持有阿里巴巴股份不能超过50%。协议还规定，除非发生特殊情况，马云将继续担任公司的CEO，直到阿里巴巴整体上市，或者是本协议签定五周年（2010年10月）。这一“股东协议”，同样适用于软银等其它机构股东。
更为重要的是，对于管理层之外的机构股东在股东大会和董事会的权力，“股东协议”均进行了一系列的限制。
根据“股东协议”，在2010年10月之前，尽管雅虎拥有40%的股权（以及对应的投票权），但在阿里巴巴的股东大会上，其中的35%的股权，必须按照阿里巴巴管理层的指示投票。而在阿里巴巴的4个董事会席位中，管理层可以提名2个董事，合计持股近70%的雅虎和软银，仅可分别提名1名董事。
这就意味着，通过法律文书的形式，马云确定了自己在阿里巴巴的“实际控制人”的角色。在这个框架之下，即便软银、雅虎的股权远远高于以马云为代表的创业团队，仍没有任何选择。在2010年10月之前，马云均可以按照自己的思路驾驭阿里巴巴，且不允许任何人绝对控股阿里巴巴。
而2010年10月之后，虽然雅虎本可以摆脱“股东协议”的约束，同时增强其在阿里巴巴股东大会和董事会的权力，但当时的雅虎已经在走下坡路，无力与马云进行拉锯战，最终选择温和处理方式，表态支持马云及其团队的管理。并且，最终在2012年9月出让了其持有的一半阿里巴巴股权（20%）。作为回购交易的一部分，雅虎放弃了委任第二名董事会成员的权利，同时也放弃了一系列对阿里巴巴集团战略和经营决策相关的否决权。
在支付了76亿美元的赎身款之后，马云不无得意地说：“股份回购计划的完成，让公司的股份结构更加健康，也意味阿里巴巴集团进入了一个新的发展阶段。”
的确，在此次交易之后，虽然阿里巴巴为了融资不得不引入了中投等新投资方，但这些机构持有的股权更为分散，软银和雅虎联手即可绝对控股的格局，不复存在。可以说，76亿美元买回来的，不仅是20%的股份，而是让马云重新夺回控制权。
也正是在此次回购完成之后，阿里巴巴的整体上市计划正式启动了。一方面，不管是软银等早期投资者，还是新近进入的中投、中信资本等财务投资者，均有比较急切的套现需要，另一方面，根据回购雅虎所持股份时签下的协议，如果阿里巴巴集团在2015年12月前IPO，阿里巴巴有权在IPO之际回购雅虎持有剩余股份（另外约20%）的一半。
第二次“上市”
对于上市，马云并不陌生。
早在2007年11月6日，阿里巴巴就将B2B业务在香港挂牌上市，发行价为13.5港元。不过，仅仅5年后，2012年6月，阿里巴巴B2B业务已宣布退市，价格还是13.5港元。考虑到，阿里巴巴其间基本没有分红，市场评论称：“股民相当于给了阿里巴巴一个5年期的、190亿港元的无息贷款。”
2012年9月阿里巴巴“整体上市计划”宣布之后，它的首选上市地，仍是香港。不过，第二次上市，对于以马云为代表的管理层来说，却与第一次有着本质的不同。
因为，B2B业务的上市，对阿里巴巴创始团队和核心管理层的控制权，毫无影响，毕竟，阿里巴巴集团当时持有上市公司超过70%的股权。而一旦阿里巴巴集团整体上市，马云就不得不为大权旁落而发愁了。
以香港为例，根据“同股同权”的上市原则，一旦上市成功，马云将无法继续通过类似“股东协议”的方式，对股东在股东大会和董事会的权力进行节制。并且，在阿里巴巴的股权获得流动性之后，阿里巴巴遭到恶意收购（被绝对控股）的风险，也将急剧放大。
尽管，据香港媒体披露，为了让阿里巴巴顺利上市，软银曾破天荒地承诺，将其持有的超过三成股份的投票权，全部“委托授权”给包括马云在内的阿里巴巴管理层。但这样的方案，仍然被马云否决了。马云需要的不是孙正义的“君子协定”，而是像在2005年雅虎入股时签订的“股东协议”一样的“制度保障”。而他可能的选择，就是“双层股权结构”和“合伙人制度”。
据海外媒体报道，阿里巴巴曾试图参照Facebook，设计一种“双层股权结构”。在这种股权结构下，公司可发行具有不同程度表决权的两类股票，因而创始人和管理层可以获得较大的表决权。
所谓的“双层股权结构”，也即“AB股制”。据Facebook招股书披露，其采用的“双层股权结构”，即，将普通股分为“A系列普通股”和“B系列普通股”，其中，1个B系列普通股对应10个投票权，而1个A系列普通股对应1个投票权。其中，B系列普通股，被称为“复数表决权”普通股，扎克伯格等Facebook的高管，通过持有B系列普通股，来放大其对公司重大决策的控制权。
若阿里巴巴实施“双层股权结构”，仅以持股约7.43%的马云为例，其个人在股东大会上拥有的投票权，将是现在的10倍。由此，在所有的投票权中，马云一个人就可以掌控约43%。不过，作为阿里巴巴的上市首选地，香港证监会并不允许上市公司采用“双层股权结构”。
阿里巴巴公开力推的是“合伙人制度”。在10月10日宣布“决定不选择在香港上市”之时，阿里巴巴同时表示：“阿里一直欢迎讨论‘合伙人制度’这一机制创新。阿里巴巴没有递交过正式申请，没有要求过AB双重股权结构，没有挑战香港市场所奉行的‘同股同权’标准。”
在9月10日公开披露“合伙人制度”时，马云曾经表示：合伙人制度建立的不是一个利益集团，“更不是为了更好控制这家公司的权力机构”。不过，客观而言，你可以把这一制度视为，在“双层股权结构”被否决后，它是阿里巴巴设计的，另外一种“在公司上市之后，保证创始团队和管理层控制权”的机制。
马云非常清楚，股东大会和董事会，是一家公司的两大核心权力机构。如果说，“双层股权结构”寻求的是在股东大会上的主导权，那么，阿里巴巴的“合伙人制度”，寻求的就是董事会的主导权。也就是说，在这一机制下，虽然以马云为代表的创始团队和管理层，并不拥有阿里巴巴的多数股权，但却可以掌控董事会的多数董事席位，进而实现对上市公司的主导。
一位国内电商高管对本报记者表示：“阿里的合伙人制度，我个人觉得是正确的。因为阿里今天的成功，一定程度上是由集体决策决定的。就阿里现在上市的估值来看，很难有一家投资机构会对公司有绝对的控制权。但阿里的管理团队，又不想让公司治理变得太民主，因为太民主可能就无法贯彻公司核心管理层的决策。”
一位投行人士也称：“合伙人制度在阿里已经有很长时间了，但一直到去年回购雅虎20%股份，阿里引入‘国家队’博裕投资、国开金融和中信资本的时候，才作为公司的章程固化下来。这些后进入的机构，本身对马云和管理层的经营比较认可，追求的也只是财务上的回报，因此，合伙人制度对管理层和创投机构来说，这是一种你情我愿的产物。”
据香港媒体报道，阿里巴巴之所以最终放弃赴港上市，是因为港交所虽已做出重大让步，但仍对阿里巴巴的“合伙人制度”提出了一些限制条件，比如：降低股东大会提名董事的重选次数至一到两次；“合伙人”制度设置，有三年的有效期，其间马云及管理层，最多仅可减持其持股的25%。
“由于这种特殊的‘合伙人制度’冲击了香港现有的‘同股同权’制度，阿里在香港整体上市的希望不大。从制度环境看，去美国上市可能更合适，因为美国之前已经有了‘双层股权结构’的先例。”上述投行人士表示，“不过，阿里去美国上市困难更大。它要面临的是‘塞班斯法案’，美国证券市场对公司治理和信息披露的要求，都比香港更高。并且，淘宝的货源问题，之前的支付宝事件，对阿里巴巴和马云都有一些负面影响，而美国市场，尤其看重这一块。”
