8年申诉终获清白
在重获自由后的第三天，焦占军拖着病体开始了申诉、上访之路。在此后的8年中，焦占军变卖了所有家产，鼓动全家人四处举债，成了上访专业户，而案件也经历了多番轮回。
2003年11月26日，在多次前往河北省反映情况后，时任省人大内司委主任看到了他的材料，并批转省高院立案庭庭长查复，后又批转至保定中院，中院转到安国市法院立案复查。此后多年虽时不时有一些好消息出现，但没有丝毫实质性进展。
奔波多年的焦占军开始陷入前所未有的孤立境地。这些年中，因多个官司在身，他每隔几天就要被传讯一次，家人终日惶惶不安；因偷税案而引发的多个经济纠纷案，债主们频频上门，打砸玻璃家具，甚至将其大儿子焦云峰多次打伤；而安国市的报纸、电视上，拍卖天元大酒店的信息时不时地播出。
2007年初的一天夜里，亲人们围聚在一起，劝说焦占军放弃申诉。“所有人都说，你打不赢官司的。”他向记者回忆，当天晚上，他和所有家人都吵翻了，“那么多年了，我怎么可能放弃？”
他对在当中学老师的大儿子焦云峰有些失望，跑到他的住处质问他：“别人劝我放弃可以，你是我儿子，怎么可以这么没骨气？”儿子气不过，把头往墙上撞，以死相逼。
最终儿子难忍在安国所受屈辱，又难拗父亲，带着妻儿离开安国，从此再未与焦占军有过任何联络，父子失散。家里的其他人也因难以忍受在安国终日不安的日子，全部搬至他处。
孤立无援的焦占军继续着他每年数十次往返石家庄、北京的上访和申诉。终于在2007年10月，他等来了河北省高院驻保定信访接待组，组长米振祥在看了相关材料后，调了安国法院办案人员和主要领导至保定汇报案件进展。
当年11月，安国市法院终于作出了驳回申诉维持原判的通知书。焦占军这才能申诉到保定市中院。2008年3月，保定中院再次作出驳回申诉的通知，焦占军无奈又申诉到河北省高院。
2009年3月，河北省高院作出再审决定，指令保定中院另行组成合议庭对此案进行再审。6个月后，保定中院作出刑事裁定，撤销原判，发回安国市法院重审。但安国市法院将案件退回中院。保定中院又将此案转到离安国市200多公里的涞源县法院再审。
2011年5月12日，涞源县法院作出再审判决。判决书认为，安国市税务局作出的处罚决定中并未体现大仁药业的当期进项税额，而是直接以少记销售收入额乘以税率确定的偷税数额。大仁药业借用外省户头购货的17份增值税专用发票的价、税款，已由其在购货时缴纳，税务机关以购货单位名称与大仁药业不符为由，未抵扣这部分进项税，是适用法律错误。
按照国家税务总局1998年发布的66号文件规定，认定偷逃税数额时，应当从增值税缴纳的特点出发，根据纳税人的实际缴税情况，客观计算因偷税造成的国家税款损失。大仁药业借用外省户头购货缴纳了国家税款，在计算其偷逃销项增值税数额时，应当减去进项税额，其余为偷逃税额。而本案中，大仁药业虽然虚开增值税发票，但经过计算得出，该公司当期应纳税额为负数，因此公诉机关指控焦占军和闫亚平通过虚开增值税发票偷税，证据不足以认定大仁药业、焦占军和闫亚平偷逃增值税。经过涞源县法院审判委员会讨论决定，判决大仁药业、焦占军和闫亚平无罪。
判决后，涞源县检察院认为法院认定事实不清、适用法律错误，向保定中院提出抗诉，又经过保定检察院、安国检察院、安国公安局、税务局、法院联合查证半年，最后保定检察院认为抗诉不当，撤回抗诉。
2011年12月16日，保定中院终审裁定涞源县法院的判决生效。至此，焦占军终于洗脱偷税罪名。
