国内已有知情人士忧心忡忡地指出，“转基因食品的研究表明，耐除草剂的转基因大豆，抗癌成份也减少了，抗虫转基因玉米在提高害虫死亡率的同时也影响着益虫的成熟，小动物吃了转基因土豆会使内脏和免疫系统受损，那人呢……”。欧洲人正是因为转基因食物可能对人体有害而禁止在欧洲销售;即使在美国，经销商被规定转基因食物必须具有标识。
1998年8月，英国教授普兹泰发现，老鼠食用了转基因土豆之后免疫系统遭到破坏;美国也有一些害虫的天敌因转基因植物致死的报导;2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。这些消息在带给全世界震惊的同时，也使更多的人怀疑食用转基因原料制成食品的安全性。
转基因稻米会带来诸多生态环境和食品安全方面的风险。在食品安全方面，由于稻米在大多数情况下是直接食用的主粮，因此其安全性尤为关键。然而该非法转基因稻米的安全性被未经过长期评估，食用它是否安全仍存在很大疑问。在生态环境方面，由于转基因稻米在种植过程中可能发生转基因逃逸，通过花粉和种子，转基因会转移到相邻的同类型非转基因品种中。在中稻区试时，参加实验的65种水稻密密麻麻地种在一起，相互之间间隔只有大约30厘米，极容易发生转基因逃逸，造成大范围内的基因污染。
已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应;用基因工程细菌生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长激素。一著名的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗抗生素的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不完美会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物,它们将永远无法被收回或控制, 后果是目前无法估计的。
转基因食品对动物身体器官的损害，已经被英国知名生物技术公司的一份秘密研究报告证实。转基因食品的安全性普遍存在以下几方面的怀疑：1、产生毒素或增加食品毒素含量。一些研究学者认为，转基因食品可能增加微量毒素的含量，严重的会导致某些遗传类疾病。2、营养成分减少。英国伦理和毒性中心的试验报告说，转基因食品中对人体有益的成份减少了12%至14%。3、引起人体过敏反应，造成不可预知的后果。而天然食品却不存在以上的缺点，对人体是相对安全的。
我国食品安全专家叶永茂对此也提出了自己的观点：“转基因食品在理论上至少存在5大潜在危险：产生毒素，引起人类致癌致畸或基因突变，导致人体产生过敏反应，引起食物营养结构失衡，使人体产生抗药性，使自然和生态环境失衡，现在欧洲许多国家因此抵制转基因食品上市。”
