【上海合作组织的机构设置】
上海合作组织的机构包括会议机制和常设机构两部分。
（图表来源：上海合作组织秘书处网站）
● 成员国元首理事会——上海合作组织最高机构。该理事会每年举行一次会议，由各成员国按国名俄文字母顺序轮流举行，就组织所有重大问题做出决定和指示。
● 成员国政府首脑（总理）理事会——每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。
在元首和政府首脑理事会下面，还分别设有外长、经济、交通、文化、国防、执法安全、监察、民政、边防等年度定期会晤机制。
●成员国国家协调员理事会——上海合作组织日常活动的协调和管理机构，是上海合作组织的基层协调机制。理事会会议每年至少举行三次。理事会主席由元首会议例会举办国国家协调员担任，经外长会议主席授权，可对外代表组织。
2004年1月13日，上合组织首任秘书长张德广接受采访。
●秘书处——上海合作组织常设行政机构，设在北京，２００４年１月成立。主要职能是：为组织活动提供组织、技术保障；参与组织各机构文件的研究和落实；就编制组织年度预算提出建议。秘书长由元首会议任命，由各成员国按国名的俄文字母顺序轮流担任,任期三年,不得连任。首任秘书长为张德广。现任秘书长为哈萨克斯坦的博拉特·努尔加利耶夫,２００７年１月１日就任。
● 地区反恐怖机构——上海合作组织常设机构，总部设在乌兹别克斯坦首都塔什干，２００４年６月正式启动。关于成立地区反恐机构的协定是２００２年６月在上海合作组织圣彼得堡峰会上签署的。主要任务和职能包括：就打击恐怖主义、分裂主义、极端主义与本组织成员国主管机关及国际组织保持工作联系，加强协调；参与准备打击恐怖主义、分裂主义和极端主义问题的国际法律文件草案，与联合国安理会及其反恐委员会、国际和地区组织共同致力于建立应对全球性挑战与威胁的有效反应机制；收集和分析成员国提供的有关打击恐怖主义、分裂主义和极端主义的信息等。它具有独立的法人地位，拥有签定协议、开设银行账户、拥有动产和不动产等权力。地区反恐怖机构由理事会和执委会组成。理事会由成员国主管机关领导人组成，是反恐机构的决策和领导机关。执委会主任由元首会议任命。首任执委会主任为维·捷·卡西莫夫（乌兹别克斯坦人）。
● 上海合作组织论坛——根据上海合作组织成员国首脑的决定于２００６年５月２２日在莫斯科成立，是一个对上合组织长期进行评审和科研的机构。论坛将独立确定自己的研究题目、研究方向和研究计划，并组织科学讨论会和其他活动。
（图表来源：上海合作组织秘书处网站）
