两岸政军议题：南海、钓鱼岛、和平协议成关键词
2012年，台湾历经重大选举，马英九成功连任当局领导人，继续在两岸政策上施展“手脚”。一是对台湾方面两岸事务机构重要人事大调整，二是持续减少两岸交流限制，修正“两岸人民关系条例”，降低大陆学生、资本的赴台限制等；三是提出加紧与大陆互设两岸办事机构；四是强调保障大陆在台人员平等权益，如大陆籍配偶在台获取身份证由6年改为4年、陆生纳入台湾健康保险等。
而另一方面，台湾方面坚持“先急后缓、先易后难、先经后政”的步调。国民党发言人殷玮11月8日表示，两岸交流仍将循序渐进，维持“先急后缓、先易后难、先经后政”的原则不变。
大陆方面则对正视两岸深层次政治军事问题表明态度。中共十八大报告提出：“希望双方共同努力，探讨国家尚未统一特殊情况下的两岸政治关系，作出合情合理安排；商谈建立两岸军事安全互信机制，稳定台海局势；协商达成两岸和平协议，开创两岸关系和平发展新前景。”
中共中央台办、国务院台办主任王毅11月26日在九二共识20周年座谈会上也表示，两岸关系既存在着历史遗留的症结性问题，也会在发展进程中遇到各种新情况和新问题。我们从九二共识中汲取的有益养分是，正视而不回避面临的各种问题，同时以对历史、对人民负责的态度，站在全民族发展的高度，积极进取地思考破解难题之道，循序渐进地加以务实推进。
为此，两岸以民间先行、学界研讨的方式进行了探索：
在南海和钓鱼岛问题方面，来自两岸的50多位专家学者7月首度就南海问题发布共同意见。《共同意见》设计了两岸南海合作路线图，认为两岸在南海合作的思路上，应遵循先易后难、循序渐进的步骤，先从学术性、经济性、功能性领域开始，逐步延伸到其他领域。
意见建议，在合作领域上，当前可在学术研究、人员互访、科学考察、海洋环境保护、油气资源开发、海上污染处理、海上搜救、渔业资源养护、急难救助、航道安全维护等方面进行务实合作。
在合作的发展方向上，可就开展南海非传统安全方面的合作进行探讨，扩大邀请范围，包括邀请两岸有关部门人士参加，结合两岸有关部门实际情况，提出具有现实可操作性的建议。
南海研究院10月发布的南海地区形势评估报告指，目前两岸关系发展势头良好，两岸在合作维权方面有条件实现历史性突破，应进一步提升两岸合作的政治互信和两岸南海事务性合作水平，推动建立两岸军事协调机制和加强两岸南海油气资源的合作开发，拓展两岸在南海的维权空间。
中国军事科学学会副秘书长罗援则为两岸保钓支招，表示应以钓鱼岛为枢纽连接两岸，形成大陆、台湾、钓鱼岛三位一体的生命共同体、行政共同体和主权共同体。两岸军人应携起手来捍卫“祖权”。
在政治军事互信问题方面，12月两岸重量级智囊汇聚“台