王立军在供述中称：“到重庆以后，我就经常去薄谷开来家。我觉得薄谷开来对我挺不错的。”我明知该案如果他杀成立，会是重大案件，但为了不得罪薄谷开来，我回避了这个案件。“说句实话，这个案件如果不是牵涉到薄谷开来，我肯定会安排多管齐下，早就把这个案件查清了。”
公诉人指出，一系列证据证实：王立军明知薄谷开来涉嫌故意杀人却故意包庇，不去追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
——矛盾产生。
虽然王立军与薄谷开来关系密切，但并不意味着没有矛盾。证据显示，“11·15”案案发前，王立军和薄谷开来就因为种种原因产生过矛盾。
2011年8月12日，薄谷开来之子薄某某有事想见王立军，王立军人在重庆市区但不想见他，就让司机说自己在万州，结果薄某某在夜赴万州的路上差点出了车祸，薄谷开来因此对王立军很生气。
“11·15”案件发生后，薄谷开来担心案情暴露、采取了毁证等一系列行动，王立军对薄谷开来不断折腾、知情面不断扩大产生不满。
2011年12月14日，薄谷开来专门设宴，请参与“11·15”案件办理、替自己掩盖杀人行为的李阳、王鹏飞、王智等人吃饭。
王立军在供述中称，第二天，郭维国带着王智和王鹏飞来到北京，我当着郭维国的面把王智和王鹏飞骂了一顿。我认为应该是我骂他们的话传回了重庆。从去年12月14日以后，薄谷开来就跟我变脸了，接触的时候就不一样了，没有以前热情了，开始对我防备。郭维国、王鹏飞、王智证言也证实了上述情节。
2011年12月底，王立军身边4名工作人员被非法审查。王立军和薄谷开来的矛盾越来越大。
相关证人证言显示，2012年1月28日，王立军向当时的重庆市委主要负责人反映薄谷开来在“11·15”案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥，并被打了耳光。当时在场的郭维国在讯问笔录中称：“打了王立军，这个矛盾就公开化了。”
矛盾激化后，王立军当日即安排李阳等人重新调取证人证言，妥善保管尼尔·伍德心血等关键物证，重新整理薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的证据材料，并提供了其秘密录音资料。后又将整理的卷宗交由李阳等人转移、保管。
王智在讯问笔录中称，1月29日，王立军把我和王鹏飞、李阳喊到他办公室，让我们把“11·15”案件重新整理卷宗。我们花了好几天时间制作了卷宗。王立军让我、王鹏飞和李阳分开保管，要放在安全的地方。
王智还说，我知道王立军当时和薄谷开来“翻脸”了，不然王立军也不会让我们整理这些卷宗，他启动这个案子应该有他个人的目的。
